Il Porto di Civitavecchia è un porto multifunzionale ed è diviso in due macro-aree dedicate ad ambiti di mercato differenti:

• l’area sud è dedicata al turismo, al diporto e alle attività croceristiche ed ospita il terminal crocieristico, il porto storico con il Forte Michelangelo e il Marina Yachting, e la Darsena Romana, dedicata attualmente alle attività di pesca;
• l’area nord è destinata alle attività dei traffici commerciali (traffico merci e sistema di logistica), alla pesca e al cabotaggio (Autostrade del Mare, ovvero servizi di linea dedicati al trasporto di passeggeri e merci su rotte del Mediterraneo). Sono presenti un terminal container, banchine general cargo per le rinfuse, una darsena Ro-Ro, un porto energetico-grandi masse e una darsena servizi.

Dal 2011 il Porto di Civitavecchia è diventato il primo porto crocieristico del Mediterraneo, con oltre 2,6 milioni di passeggeri. Il traffico croceristico si concentra nei 4 terminal dislocati presso le banchine 10, 12 Bis Sud, 12 Bis Nord e 25 e nel nuovo terminal Amerigo Vespucci che, con i suoi 11.000 mq di superficie, è uno dei terminal più grandi d'Europa ed è in grado di ospitare le più grandi navi da crociera. L'edificio offre i più moderni servizi per il controllo dei passeggeri e dei bagagli ed inoltre la sala VIP, il " Cruise Bar" ed una terrazza panoramica garantiscono un’ospitalità di eccellenza ai passeggeri in procinto d’ imbarcare sulla nave.

Negli ultimi anni sono aumentati i servizi di Short Sea Shipping, definiti Autostrade del Mare, per collegare tra loro le sponde del Mediterraneo. Il terminal Autostrade del Mare è situato nell’area retrostante la banchina 18, nell’area dedicata al traffico Ro-Ro merci e passeggeri, in un’area di circa 2000mq.
Ad oggi il Porto Commerciale di Civitavecchia può contare su un terminal container, banchine general cargo per le rinfuse, una darsena Ro-Ro, un porto energetico-grandi masse ed una darsena servizi.
Il nuovo Terminal container è stato ultimato nel 2009, occupa una superficie di 300.000 m² ed una capacità di 500.000 TEU all'anno. Dispone inoltre di un fronte banchina di 750 m lineari. A questo vanno aggiunti tutti i servizi dell'interporto e la banchina multi-purpose nella costruenda darsena energetica-grandi masse, che porteranno la capacità del terminal container a 1.000.000 di TEU all'anno.

Oltre ai container, tra i principali traffici del porto di Civitavecchia si distinguono:

• il terminal dell'acciaio, che serve le acciaierie di Terni (principale terminalista dell'acciaio nel porto), grazie anche ad un protocollo d'intesa con il Consiglio dei Ministri grazie al quale il porto è diventato il principale interlocutore per la movimentazione di materie prime e prodotti finiti del settore.
• il terminal Auto. Con un parco dedicato alla logistica e alla movimentazione di auto nuove, con la costituzione di un consorzio per la movimentazione di auto, grazie a piazzali di sosta di 540.000 m² che può ospitare fino a 280.000 vetture.
• il magazzino agroalimentare, realizzato presso la banchina 24 del porto. Si tratta di un magazzino polifunzionale che movimenta merci del settore agroalimentare, dotato di celle frigorifere e dispositivi di conservazione e packaging per lo stoccaggio dei prodotti in arrivo. 
• la darsena grandi masse, prevista dal piano regolatore e facente parte del settore del porto che è in evoluzione. Storicamente snodo fondamentale per l'approvvigionamento energetico del Lazio settentrionale, insieme alla vicina centrale termoelettrica. Dopo la delocalizzazione della Darsena Petroli e lo spostamento del terminal petrolifero a mare, di fronte alla centrale termoelettrica dell'Enel, la Darsena grandi masse è stata ripensata per poter ospitare i traffici più molteplici, dai container alle rinfuse, ai prodotti energetici e fornita in fase di progettazione di una banchina “multipurpose”.